教育部、臺東縣政府歷經20年的推動，在各單位人士的齊心努力之下，國立臺東大學附屬特殊教育學校終於在100年8月1日正式設校；並於104年6月6日上午10時舉行校舍落成典禮。在教育部、臺東縣政府、國立臺東大學、臺東縣議會、身心障礙者家長團體等代表及與會嘉賓共同見證與祝福下，確立了國內特殊教育的新里程碑。
東特吳永怡感性地闡明：「東大附特是全國特殊教育的最後一塊拼圖，東特的建立讓全國特教學校的建置得以圓滿。」教育部為國立臺東大學附屬特殊教育學校新建的校舍編列了經費，臺東縣政府提供交通便利、環境優美、生活機能完善的土地作為建校之用。學校校舍是由黃振東建築師事務所團隊設計，建築將達悟族拼板舟之意象及漢民族文化結合在不同建築物中，巧妙融入臺東地方特色、原住民文化及閩南文化。校園環境以人為核心，規劃「通用化無障礙」空間，並推動永續發展之「綠色校園」。校舍規劃設計有復健職能區、教學區、行政區及多功能活動中心，為地下一層及地上三層樓之RC結構建物。
東特以招收中重度及多重障礙學生為優先，全體教職員工秉持「愛人如己」的理念，有信心、有愛心、有耐心並有智慧的創造和諧、溫馨有愛的校園文化。東特共設立國小、國中及高職等3個學部，使臺東地區的身心障礙學生能就近入學，得到更完善的軟、硬體設施及無障礙的就學環境，並在臺東大學的指導與協助下，致力於提昇身心障礙學生的受教品質與學習競爭力，以個別化、適性為原則，發揮教學、研究、輔導、服務及轉銜功能；保障其受教權益，發展優勢能力，進而獲得最好的照顧與最適性的教育與安置。在發揮人性關懷，實現教育機會均等之特教理念之下，培養學生健全人格，習得一技之長，以期能充分開發優勢能力，適應獨立自主生活，滿足家長及各界之期待。