針對足球協會過去因舉辦或參加各項國內外賽事而累積1億餘元債務，新任理事會112年接手後，雖已逐步展開協商還款事宜，惟涉及選手的費用部分，迄今仍未完全償還，並發生未支付款項卻開立扣繳憑單的嚴重疏失，近日引發外界高度關切及批評，體育署已嚴正要求足協近期內儘速解決積欠球員費用及更正未依實開立扣繳憑單的問題。
針對111年底男子足球代表隊前往泰國參加邀請賽獲勝，足協卻因債務問題致現金流不足，迄今尚未依該會理事會所制定辦法發放出場費等費用，損及選手權益，體育署已正式行文要求足協務必於2週內，儘速籌措款項償還選手，其餘積欠選手款項部分，也應於今年底前償還完畢。另有關未依實開立扣繳憑單的嚴重問題，亦要求足協1個月內完成清查及向稅捐機關更正完畢。
為健全協會財務運作，體育署已於去（112）年12月邀請會計師協助研訂財務報告檢查表並函發各協會，要求各協會確實填報並須經會計師複核後，併同會計師查核簽證函報體育署，同時要求每年協會自我檢視財務情形，秘書長應於理事會議做財務執行及管控報告，透過相關輔導措施，以輔導協會建立完整財務管控機制，健全各項財務運作，俾及早掌握與因應財務風險。