針對北北基家長協會三點訴求「二次免試不要比志願序、一免報到後立刻公布缺額及二免招生名額；二免提供與一免相同的考生服務資訊」等情，教育部說明如下:
一、 二次免試不要比志願序部分
依據高級中等教育法第37條及高級中等學校多元入學招生辦法第6條規定，各區免試入學作業要點係地方政府基於教育發展考量及因地制宜所訂定之入學規範。考量103學年度入學制度及簡章均已依程序核定並公告在案，不應更動。若第二次免試入學超額比序項目未依原定制度及簡章而行，恐違信賴保護原則、衍生疑慮，因此，現階段仍應基於信賴保護原則，穩健推動本次入學制度。但此建議可納入104年入學制度之研修。
二、一免報到後立刻公布缺額及二免招生名額部分
依據103學年度免試入學作業期程，配合各就學區放榜時間，全國統一於6月20日上午11時公告錄取結果，復依據6月25日中午12時學生放棄報到情形，將於6月30日上午10時同時公告二免招生名額與特色招生考試分發入學名額。針對缺額提早公告建議，若於報到即行公告餘額，因仍屬不確定資訊，易造成誤判之不當效應。惟教育部理解學生及家長殷切期待，將會同全國免試入學委員會、特色招生聯合分發委員會、各區免試入學委員會討論可行方案。
三、二免提供與一免相同的考生服務資訊部分
103年是十二年國民基本教育實施第一屆，教育部理解各就學區家長期待有分區資訊可供選填志願參考。因此，學生於第二次免試入學將比照第一次免試，提供超額比序（未含志願序）項目積分查詢服務，讓尚未透過各種管道錄取並報到之學生知悉其在該就學區所處之序位比率及累積人數區間，以作為二免選填志願之參考。