鑑於課綱調整是中央權限，教育部於日前回復臺北市政府教育局函請基於維護學生學習權益，儘速解決課程綱要之法律問題，並就新版及舊版有爭議之部分，不列入未來學測及指考之範圍命題一事，函復該局，並副知各直轄市縣市政府，同案，也通函全國高級中等學校，無涉行政倫理情事，該函旨在說明：
一、 日前臺北高等行政法院之判決，非針對該課綱微調案之程序與內容， 而係就課綱審議之資訊提供，且該判決尚未確定，教育部已依法提出上訴。該判決臺北高等行政法院並未認定課程綱要微調之依據及過程有任何違法之處，且監察院於103年7月22日針對課綱微調已調查竣事，本次課綱微調之程序及內容並無不當，爰教育部103年2月10日依法發布之課程綱要仍合法有效。
二、 依據高級中等學校教科用書審定辦法規定，申請修訂之教科用書，經審定機關准予修訂並重新印製者，出版社應依審查通過之書稿印製。爰此，教科用書經修訂出版，學校端應選用新版教科用書，以免影響教師教學及學生學習。
三、 本次課綱微調係自104年8月1日起，從高中一年級起逐年實施。大學入學考試中心辦理之學科能力測驗及指定科目考試範圍，係以當屆學生入學年度所採行之課程綱要為命題依據。
教育部基於全國最高教育行政主管機關，以往為使全國各高級中等學校確實知悉相關業務規定及事宜，常有通函全國各高級中等學校之情事，本次依據臺北市政府教育局來文，除回復該局外，同時函知各地方政府及全國高級中等學校有關課綱調整之正確訊息，並非特例，目的在使各校確實知悉，此次課綱綱要調整所涉之法律爭議事實，俾能全面週知，並無外界指稱之威脅及有違行政倫理之情事。