國語日報社不服教育部認定其為政府捐助法人之行政處分，向行政院提起訴願，惟始終未提出民間出資佐證；經行政院訴願會審議後，認定教育部行政處分並無不法或不當，該社確屬政府捐助法人，而駁回該社訴願。
教育部表示財團法人區分「政府捐助」及「民間捐助」，予以不同管理密度之原則，是自預(決)算法97年修法、98年立法院通案決議、99年監察院報告及99年行政院通函政府捐助財團法人認定基準以來，社會各界所凝聚之共識，其精神並延續體現於108年2月1日將正式施行之財團法人法。而財團法人性質的認定，依行政程序法、最高行政法院的相關判例及裁定觀之，實為主管機關權責；因此教育部依據上述行政院99年認定基準，本於客觀證據(重要事證說明詳如附件1至5)，於106年9月5日認定國語日報社為實質公有事業完全捐助成立之財團法人，是依法行政以維護公益(本案綜合說明詳如附件6)。本案民事非訟事件裁定未實質判斷國語日報社是否屬政府捐助，且有適用法規錯誤之虞，業經本部提起再抗告，尚待高等法院裁定。
依據教育部調查之諸多政府機關檔案資料顯示，國語日報社前身為國語日報公司，其公司財產全數源自政府資產，並由臺灣省國語推行委員會提供人力、辦理日報業務。是迄今，查無任何股東私人出資或其他民間資金證據；國語日報成立公司時的17位股東，是經過臺灣省國語推行委員會議決，均為政府公務人員或具官方背景身分，為名義上之股東，彼此簽訂管理人公約，約定報社財產不屬私有。17位出名股東成立公司後，教育部與臺灣省政府教育廳44至46年間曾進行第一次行政調查，指明「國語日報成立公司時，未於章程內敘明教育部財產，有化公為私之嫌」、「國語日報由公營改為民營，於法規諸多窒碍…且未經本部許可，竟擬以部產作產作股，改為民營公司，均屬不合」。在當時臺灣省國語推行委員會權衡折衝下，於臺灣省政府教育廳見證下，將國語日報公司改組為財團法人，並設有4名官派之當然董事，希望藉此確保國語日報社永久非私有化。
然而，國語日報從公司型態轉變為財團法人的做法，並未解除主管機關及外界疑慮，教育部又於57年間命臺灣省政府教育廳進行第二次行政調查，該廳再次做成「該社產權，應屬公產，殆無疑義」等調查報告結論。而國語日報社捐助章程所訂4名官派當然董事席次，於89年時遭該社以精省為理由刪除；從此，國語日報社脫離政府管制，而逐漸為少數人長期控制。
法院為維持國語日報社務運作早日回歸正軌，業先指派7名臨時董事，協助社務運作；然據瞭解，迄至目前為止，國語日報社仍拒絕接受法院所裁定的臨時董事人選，已嚴重影響社務運作。教育部呼籲國語日報社應儘速依法院裁定召開董事會議，教育部並將持續恪遵職責，積極監督國語日報社，要求該社配合政府捐助財團法人相關規範，辦理捐助章程修正及董事改選；並應提出預算書、決算書送立法院審議，避免公產私有化，冀求維護國家利益與社會公益。