針對部分民間團體反映，因應十二年國民基本教育實施，免試入學為主之入學機制，可能使高級中等學校學生差異性較大的學生群體進入校園一節，教育部說明如下：
教育部於97年度起依據「教育部國民及學前教育署辦理高級中等學校學生學習扶助方案補助要點」，對學習低弱之學生以抽離式方式進行補救教學，103年度有關扶助對象，增加國民中學教育會考成績中，國文、英文、數學任一科列為「待加強」學生進行補救教學。除於本方案中提供學習弱勢學生扶助外，亦在「高中優質化輔助方案」將學習弱勢學生扶助列為重點發展項目。
103年度對象為國民中學教育會考成績中，國文、英文、數學任一科列為「待加強」第1次申請補助之公私立高級中等學校有96校，預估受益學生5,998人次。國中教育會考一免報到後，教育部已於103年6月20日函知學校加強辦理補救教學，並辦理第2次學習扶助申請，本次申請學校41校（公立22校、私立19校），預估受益學生4萬2,274人次。綜前所述第1次及第2次辦理國民中學教育會考待加強學生補救教學之校數共計132校，預估受益學生共計4萬8,272人次。
另為提升教師補救教學及差異化教學之業務能力，依據「教育部十二年國民基本教育高中高職教師教學專業能力研習五堂課實施計畫」，自102年起，協助教師規劃合宜的教學情境與環境，運用創新的教學策略，設計適性課程與教材，發展多元學習評量，建立客製化學習歷程，以協助學生發揮潛能，進而展開學生的長才。並透過5堂課18小時之研習課程內容提供教師十二年國教理念與實施策略、有效教學、差異化教學與多元評量及適性輔導等專業知能研習。
另為落實選修開展學生多元能力，「普通高級中學課程綱要」明定各校應訂定期程表漸進推動「無固定班級授課制」，積極開設選修科目，以因應學生的個別差異與發展。學校每學期開設選修科目之學分數，以各學期規定選修學分數的1.5倍為原則，提供學生選讀；並明定英文、數學及物理三科得依學生程度分版教學。另依據「職業學校群科課程綱要暨設備基準」規定略以，各科目教學綱要所列之教材大綱，可視學生程度、社會需要及科技之發展酌量增減，學校應鼓勵教師針對學生程度編選適性教材。
另針對某民間團體質疑「技職再造方案第2期計畫」之設備更新疑義，依據「教育部國民及學前教育署補助高級中等學校設備更新要點」規定，為充實高級中等學校專業群科之基礎教學設備，請各校依據「職業學校群科課程綱要暨設備基準」及職業學校群科中心所訂定之「校訂基礎教學設備參考表」盤點學校之教學設備，提出設備需求順序，再由教育部委由學術單位協助專業審查後核予基本設備補助。本次設備更新補助以充實學校基礎教學實習及發展學校特色課程需求設備為目的，且基於前次為配合99課綱實施所進行98年度擴大內需方案補助設備項目，進行汰舊換新，以滿足產業需求人力，達成務實致用目標。設備更新基礎教學設備的單價，係依核實訪價之單價為基準，以CNC設備為例，單價受機器設備品質、加工精密度、加工能力與所加工物件大小等因素影響，學校可以實際教學需要購置，購買單價較低設備所餘經費，可用以購買核定清單序位較後之其他設備。教育部亦已進行技術型高中課程綱要之修訂，課程所需設備亦將適時納入設備基準修正，以與產業發展所需人力相符。