對於聖約翰科技大學109學年度發生未依《教師待遇條例》規定與教師完成協議即變更學術研究加給支給數額等情事，教育部為使該校能夠改善，已於9月17日函知該校應於10月5日前補發所欠教師全薪；教育部除已於10月6日裁處該校新臺幣10萬元罰鍰外，並限期該校10月15日前改善。
教育部表示，聖約翰科技大學未按《教師待遇條例》與教師完成協議，並在教育部給予一定改善期限後，如仍有積欠教師薪資之情事，以致影響教師權益，教育部將本於監督之責，依《教育部輔導私立大專校院改善及停辦實施原則》第3點規定，認列該校為專案輔導學校，並組成專案小組以加強輔導該校校務運作，同時改善該校本次因薪資待遇所衍生之爭議，完善教師待遇相關機制。
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