南榮學校財團法人南榮科技大學未依「專科以上學校教師資格審定辦法」規定辦理教師資格審查作業，且未依「大學辦理國外學歷採認辦法」規定之程序辦理國外學歷採認，教育部依「教育部輔導私立大專校院改善及停辦實施原則」第2點第7款「違反私立學校法或有關教育法規」，於105年5月列入專案輔導學校，教育部迄今已召開7次專案輔導會議。
教育部於歷次專案輔導小組會議，請學校因少子女化趨勢及違反相關教育法規事件之影響，就招生策略及財務面應積極有效處理，未見成效。105學年度及106學年度註冊人數分別398人及385人；註冊率分別為25.95%及32.85%，且教學品質查核仍持續列管。
教育部為維護學生受教權益，依私立學校法第55條規定經徵詢私立學校諮詢會意見，107學年度停止該校連續二學年度教學品質持續查核列管之科系（資訊管理系、觀光系、餐旅管理系及企業管理系）所有學制招生，使學校更有效進行科系調整，招生策略規劃及財務改善，以利於學校繼續經營。
惟學校財務持續惡化，無法維持3個月之經常性現金支出，且逾期未完成承諾捐資1億元，以彌補該校財務缺口，為維護學生教學品質及教師權益，教育部依私立學校法第55條規定，經徵詢私立學校諮詢會意見後，自108學年度起，停止南榮科技大學全部班級之招生。並要求該校應持續開班授課、保障現有學生受教品質及權益；學生無轉學意願者，學校不得強迫轉學，教育部將加強教學品質查核，學生倘欲轉學，教育部將協助相關轉學事宜，以保障學生權益。