本屆全大運由教育部主辦，國立體育大學(執委會)承辦，賽事期間請執委會依據中央流行疫情指揮中心審核同意之防疫計畫落實防疫措施；教育部另加補助執委會購置防疫物資經費，務請提供全體參賽選手、隊職員及相關工作人員安全的競技環境。
賽前如有健康疑慮不得參與活動
為顧及所有參賽人員之身體健康，使賽事順利進行，大會要求參加人員賽前需填列健康聲明書，人員如有發燒等疑似症狀，以及指揮中心「具感染風險民眾追蹤管理機制」所列居家隔離、居家檢疫、加強自主健康管理、自主健康管理及居家照護、自主防疫者，依規定一律不得參與活動(並依規定請假)，以維護所有參賽人員的健康安全。
因應疫情持續滾修防疫計畫
因應疫情升溫，大會在賽前持續滾動修正防疫計畫，防疫措施不斷升級，除了賽事期間一律採閉門賽外，開幕典禮降載進場的各校運動員人數，所有人員在進入各場館前，均需測量體溫並以酒精清潔手部，另於賽場內應全程佩戴口罩(比賽進行時選手裁判得免戴，下場後應即戴上)，並加強賽場清消作業，依111年全大運防疫計畫相關規範，落實競賽場館的防疫工作，同時不斷向各隊人員加強防疫宣導。賽事期間如有人員確診，大會依防疫計畫「柒、活動出現確診者應變措施」辦理並配合疫情調查。
依據教育部110年11月25日公告之中華民國111年全大運競賽規程第20條規定：「有關賽事防疫之相關規定，除依中央機關衛生福利部疾病管制署公布之最新規定辦理外，參加人員並應依相關防疫計畫規定辦理」。111年全大運防疫計畫業報經中央流行疫情指揮中心審核並提供意見，經執委會111年4月1日公告於官方網站上。
綜合評估後 如期舉辦並採閉門賽降低風險
教育部與執委會考量「選手有訓練週期」、「各參賽學校均已預訂與規劃交通及膳宿」、「無法預測疫情發展」及「一再順延難以安排賽程」等因素，延賽恐導致影響大部分選手參賽權益，並依據執委會綜合各項因素評估仍按照原定期程辦理，但採取閉門賽，不開放一般民眾及體育課校外教學觀賽，以顧全多數選手權益。
後續並持續要求賽會應依防疫計畫執行，所有工作人員及參賽選手均應接種COVID-19疫苗2劑且滿14天或提供自費2日內抗原快篩（含家用快篩）或PCR檢驗陰性證明；在進入各運動場館時全程佩戴口罩，並配合111年全大運防疫計畫的相關規範，一起落實競賽場館的防疫工作。
大會統計 賽前請假400人
依競賽規程規定，參賽選手如因故(含確診或防疫因素)無法到賽者，應事先向大會請假。經查，截至5月11日閉幕活動止，大會接獲已報名選手請假人數及理由如下：確診71名、居家隔離101名、預防性請假96名、其他原因請假132名(包括：受傷、因隊友請假致無法比團體賽者、個人其他因素等)。
全大運比賽結束後，選手如有確診情形，依防疫計畫伍、賽會舉辦前、舉辦間防疫規劃及應配合辦理事項：四、賽會或活動舉辦結束後：若參與人員出現發燒、呼吸道症狀或 COVID-19 相關症狀等，應主動向各縣市衛生主管機關通報，並採取適當的防護措施及引導就醫。是以，賽會後如有選手確診，依規定應主動向各縣市衛生主管機關通報，大會並無該類人員的人數統計資料。
本次賽事完全遵照防疫計畫執行，並要求所有參賽人員務必做好自我健康管理，希望能在競賽與疫情中取得平衡，惟疫情的影響確實存在每個人生活的所有環節，教育部體育署除了感謝所有參與的選手及隊職員及工作人員，也提醒所有參賽人員持續做好自我健康監測。