為落實十二年國民基本教育課程綱要所定，學校可以彈性進行跨領域或跨科目之協同教學，教育部發布「國民中學及國民小學實施跨領域或跨科目協同教學參考原則」(以下簡稱本參考原則)，以協助直轄市、縣 (市) 主管之國民中學及國民小學。
教育部表示，學校實施跨領域或跨科目協同教學，旨在組成教師協作團隊、形塑共學之文化，發展以核心素養為主軸之課程，落實自發、互動及共好之理念；並啟發學生生命潛能、陶養生活知能、促進生涯發展、涵育公民責任，達成學生適應現在生活及面對未來挑戰之目標。本參考原則是為行政指導，各地方政府可依據需求，研訂合適之相關規定。
本參考原則以落實課綱理念與目標、關注學校發展之需求、落實協同備課之觀念、鼓勵多元協同之型態、形塑教師共學之文化、建構永續發展之機制等原則訂定，就跨領域或跨科目協同教學之實施範圍、運作模式、運作型態、教師節數採計方式以及所需教師鐘點費之支應來源等部分加以規範，從參考原則中可知，跨領域或跨科目協同教學其實施範圍包括領域學習課程及彈性學習課程(第3點)，運作時應包括團隊成員之共同備課、授課、學習評量，及課後專業回饋與其他相關歷程，且成員均具授課之實；運作型態可包含二以上領域或跨科目之協同、主題式協同或其他符合跨領域或跨科目協同教學精神之型態(第4點)，而團隊成員進行跨領域或跨科目協同教學需採計授課節數時，應另行提交課程計畫，經學校課程發展委員會審議通過，併學校課程計畫，報直轄市、縣(市)政府備查。至於實施協同教學之該節課，由二位以上成員進行同一班學生授課時，該節課之授課節數，至多採計二節 (第6點、第7點) 。
另為支持各校辦理跨領域或跨科目協同教學，本參考原則亦於第12點中規範，實施協同教學時所需之授課節數鐘點費，得由各該主管機關依國民小學與國民中學班級編制及教職員員額編制準則規定所控留之專任員額經費項下支應。
教育部並表示，為因應十二年國民基本教育課程綱要推動，鼓勵國民中小學教師視學生學習需求施行跨領域或跨科目協同教學，已將試行跨領域/科目協同教學事宜納入106學年度國民中小學前導學校中辦理，將產出跨領域/科目協同教學之運作模式供各校參考。而由各該主管機關依國民小學與國民中學班級編制及教職員員額編制準則規定所控留之專任員額經費項下支應協同教學鐘點費部份，另請部分地方政府進行試算中。
教育部期許，透過多元教學方式及教師間共學共備機制的建立，能逐漸活化老師的教學方式、精進教師專業知能，教師能運用豐富、趣味的教學策略，設計吸引學生學習興趣之課程，實踐素養導向之課程發展，進而落實十二年國教之理念與目標。