針對報載臺灣大學於《泰晤士高等教育》世界大學排名自2013年至今慘退64名乙節，教育部強調我國大學學術研究水準在過去10年間，透過邁向頂尖大學計畫、教學卓越計畫及發展典範科技大學計畫等經費挹注，已奠定良好基礎，我國學校在整體世界排名與國際能見度已有大幅提升。
一、過去計畫推動以來學術質量及國際影響力提升，部分研究成果在整體世界排名與國際能見度已有大幅提升：
(一) 2018年QS（Quacquarelli Symonds）世界大學排名評比，我國上榜的大學共17所進入前500大，較去（2017）年增加1所，排名最佳為臺大第72名（較2017年進步4名）；2017年上海交大「世界大學學術排名」：我國有臺大、清大、成大、交大、長庚、高醫及中國醫等 7 所大學進入前 500 大；英國《泰晤士高等教育專刊》2017世界大學排名，我國有26所學校進入前1000名，其中共4校進入前500名，排名最佳為臺大第198名。
(二)在領域排名方面，2018年英國高等教育機構（QS）針對全球5大領域48個學門進行全球大學學門排名，臺灣有40個學門進入前50名，較去（2017）年的25個學門增加多了15個學門入榜，且這40個學門中，人文領域有2個學門、社會科學領域有5個學門，合計人文及社會科學領域共有7個學門（較2017年之5 個學門多2學門），進入前50名。而這40個學門中，臺大有19個學門、清大有2個學門、成大有2個學門、交大有2個學門、師大1個學門，進入前50名。
二、各國際世界大學排名系統採計標準及強調重點各異
各類世界大學所重視之排名內涵及權重皆不同，此為影響我國於世界大學排名浮動之主因，QS世界大學排名最重視聲譽調查，佔權重50%，我國大學在國際聲譽表現尚稱嘉許，近來於QS所做各項排名中皆有不錯表現。而英國泰晤士高等教育世界大學排名則較重視大學教師學術論文產出及引用影響力，上海交大排名則完全採計量指標，全面採計學術論文發表及校友、教師獲諾貝爾獎及菲爾茲獎數等相關成效。由此可知世界大學排名評比的結果容易因評比機構不同而有迥異的結果。因此，各種世界大學排名可以當作學校辦學及持續提升教研水準之參考資料之一，但追求排名並非大學存在的唯一價值及目標。
三、教育部透過深耕計畫及玉山計畫提升國際能見度及學術影響力
教育部經檢討過去10年高等教育競爭型計畫執行成效，參酌各界意見研擬「高等教育深耕計畫」，本計畫第二部分主要在協助大學追求國際一流地位及發展研究中心，以強化國家國際競爭力為主軸，持續編列合理穩定的經費全力協助發展。107年高教深耕計畫第二部分「全校型學校計畫」共補助4所具有多面向國際競爭力之綜合性大學，強化國際學術研究競爭與影響力；另「特色領域研究中心計畫」依工學、理學、醫學、生命科學/農學、社會科學及人文藝術計六大領域，共核定65個研究中心計畫，協助特色領域國際競爭力之大學，在優勢項目建立全球領先地位，提升整體國際競爭力。
此外，教育部亦協助大學積極延攬國際優秀學研人才，本部自107年度推動「玉山計畫」及「高教深耕計畫」，鼓勵學校擴大國際攬才，各校自訂彈性薪資方案及教授學術加給提高10%等誘因，對於我國攬才及留才將可發揮關鍵效果。
總結而論，高等教育深耕計畫係鼓勵大學植基於學校特色、追求國際一流地位，其焦點絕非僅關注世界排名，各種大學排名應是當作學校辦學及持續提升教研水準之參考，卻非大學存在的唯一價值及目標。大學的成功亦非僅靠經費就能達成，競爭性經費僅是大學得以提升競爭力的要件之一，但大學的長期發展需要內部與外部因素的互相配合，同時配合創新的治理環境以及良好的基礎建設才能吸引優秀人才，透過優秀的教授與學生才能創造優質的學術產出，才能真正提升大學競爭力。未來本部將研議，依高等教育本身的學術特質，推動高等教育大學治理與公務體系之適當分離，如薪資結構、組織、人事、財務、會計制度鬆綁等，讓大學取得相當自主性。教育部亦將持續挹注適足經費，協助大學整體教研能量及校園國際化環境之提升，並著重研究成果對於產業、社會發展之實質貢獻，致力於國際化、產學合作、創新學習、社會參與等面向，讓臺灣高教人才能力提升，與世界對話。