公立大學受全國納稅人委託，教育我們的年輕人成為具有全人人格及專業技能的國家棟樑。因此，尊重學術，維護學術自由，建立學術誠信是大學必須具備的基本準則。大學校長是學校的領航人，因此，大學校長的遴聘，當然要接受較高道德標準的檢視。
臺大在106年由政府提供之經費超過67億元，全校師生達到3萬7千人。就結構面來看，該校預算及師生人數已經超越某些政府的行政機關，因此，臺大校長的遴選作業程序不能輕忽。就學術面來看，臺大是我國高等教育的領頭羊，臺大校長必然要接受更嚴格的檢驗，遴選，是為選出帶領台灣最高學府的領航者，臺大的校長遴選方式，是由該校遴委會自訂出三個階段的程序，環環相扣；從被推薦人資格初審、遴委會第一次的個別推薦投票、校務會議代表第二次投票、最後，再由遴委會進行最後之票選，如此的設計，亦可看出臺大對於校長遴選過程的重視。
然而，本部在詳細檢視此次臺大校長遴選的整個過程中，遴委會委員及被推薦人有經濟法律上重大利益未迴避的適法疑慮，臺大亦未善盡幕僚單位應有之責任，進而形成對其它被推薦人的偏頗與不公平競爭，同時，亦出現明顕有違背學術誠信規範的情況。而在106年1月31日臺大遴委會的會議上，教育部亦透過本部代表提出應注意校長遴選過程中，各階段的完整程序，但，遴委會並未正視。
學術誠信是建構一所大學的基本原則，但在這次臺大校長的遴選過程中，學術倫理、基本誠信並未被彰顯，甚至是被含糊以對；遴委會亦未遵守其自訂之各階段遴選基本準則，綜上所述，因此教育部無法接受臺大遴委會此次的遴選結果並駁回臺大遴委會的決定，本部亦要求臺大及臺大遴委會要重新在符合其自訂之校長遴選相關規範中，應就被推薦人所提供之相關資料文件進行所有的檢視，並在進行完整的推薦及遴選程序作業後，再依程序報部。