106年全國大專校院運動會經過多日激烈拼戰畫下句點，於5月10日下午4時15分在國立臺灣大學綜合體育館3樓舉行閉幕典禮。
閉幕典禮在吉祥物椰寶和鵑妹的舞蹈及106年全大運精彩賽事回顧影片中揭開序幕，並進行競賽成績報告及頒獎。臺灣大學楊泮池校長感謝各大專校院選手、隊職員熱情參與，以及民眾、社會各界及臺灣大學全體師生對本屆全大運的支持，另外由教育部宣示106年全大運圓滿閉幕，由臺灣大學將全大運會旗交接給承辦107年全大運的國立中央大學。
教育部體育署表示，本屆全大運破紀錄聲不絕於耳，總計共有5 項 11 人次破全國紀錄，還有 53 項 104 人次破大會紀錄，頒出金牌 452 面。(訊息依大會官網公布為主，網址：http://niag.ntu.edu.tw/Modules/Home/page.asp?pid=305)
教育部除持續提升我國運動參與率，加強學生體適能指標表現外，也積極推動學校運動人才培育，輔導建立區域培育體系，整合基層運動選手系統化培訓體制，並暢通升學管道，厚植國家運動人才。期盼所有選手從參與競賽過程中，學習到奮力不懈、尊重對手與自律等精神，達到「喜愛運動、品德並重」的理念及目標。
在莊嚴雄偉的會歌聲中，會旗緩緩降下與聖火熄滅，象徵「106全國大專校院運動會」圓滿結束，下一屆承辦學校國立中央大學以百人舞蹈展現活力，勇於承擔傳承的使命與任務，相隔30年後再次接棒舉辦107年全大運，歡迎各校選手相約在中央大學群英再聚，參加107年全國大專校院運動會。