新課綱基於12年一貫之完整規劃，且自各教育階段一年級(小一、國一、高一)同步實施，高一新生因國中階段使用舊課綱，部份學習內容須銜接，以利新課綱學習。此因應新舊課綱替換之需要作銜接教學，並非首例。95至96學年度數學科即為銜接新課程，發展「九年一貫數學領域銜接高中課程教材」。
本次新課綱如：化學科銜接所需原子結構與科學史等6節課；生物科免疫與演替2主題；國中新增資訊科技之程式語言、演算法及程式設計3主題，為利高一新生學習，需銜接教學。
本部國教署已研發銜接教材，包括數位學習教材、評量及教學影片均建置於數位學習網站，及辦理教師研習。目前統計有58校規劃於高一第8節上課、35校於高一彈性學習時間上課、205校於國三升高一暑假上課、30校於高一寒假上課、33校於高一升高二暑假上課，並已撥付361校共1,338萬元之鐘點費。