立法院第9屆第6會期第12次會議於107年12月7日三讀通過性別平等教育法部分條文修正草案。修正重點說明如下：
一、強化校園防堵不適任人員之機制
學校聘任、任用之教育人員，或進用、運用之其他人員經調查確認或查證屬實有性侵害、性騷擾或性霸凌行為者，應予解聘、免職、終止契約關係或終止運用關係。有性侵害行為，或有情節重大之性騷擾或性霸凌行為，各級學校均不得聘任、任用、進用或運用；已聘任、任用、進用或運用者，學校應予解聘、免職、終止契約關係或終止運用關係，並參照司法院釋字第702號解釋理由書意旨，針對行為人有改正可能之情形，訂定再受聘任之合理相隔期間或條件。規定針對上述人員應辦理通報、資訊之蒐集、查詢、處理、利用等事項，強化校園防堵不適任人員之機制。
二、使學生免於被標籤化
修正條文第27條第2項：「行為人如為學生者，轉至其他學校就讀時，主管機關及原就讀之學校認為有追蹤輔導之必要者，應於知悉後一個月內，通報行為人次一就讀之學校。」並增列第3項：「行為人為學生以外者，轉至其他學校服務時，主管機關及原服務之學校應追蹤輔導，並應通報行為人次一服務之學校。」將現行條文「應通報行為人次一就讀或服務之學校」區分為學生及學生以外者，使學生得免於被標籤化，也針對行為人為學生以外者持續追蹤輔導。
三、調查小組成員規定更明確並符合實務需求
學校或主管機關的性別平等教育委員會處理校園性侵害、性騷擾或性霸凌案件，必要時，其調查小組成員得一部或全部外聘，且溯及法令修正前。除符合現行條文規範調查小組之專業背景、性別平等意識及性別比例之意旨，亦使規定更為明確，並符合實務需求。
四、增列相關罰則
學校或主管機關未將校園性侵害、性騷擾或性霸凌事件交由所設之性別平等教育委員會調查處理，或違反當事人、檢舉人、行為人之保密規定者，處新臺幣1萬元以上15萬元以下罰鍰。另針對行為人不配合執行相關處置，或不配合調查，而無正當理由者，由學校報請主管機關處新臺幣1萬元以上5萬元以下罰鍰，並得按次處罰至其配合或提供相關資料為止，但行為人為學校校長時，由主管機關逕予處罰。
新法實施後，教育部期完備處理教育現場各類人員性別事件之法源依據，適時回應各界對建立安全校園之期待，更達到加強預防與處理校園性侵害、性騷擾或性霸凌事件，以積極維護學生受教權之目的。