針對私立高中職學費調升3%，教育部表示，減免學費政策是12年國民基本教育保障教育機會均等的重要措施，不論公私立學校，教育部均投入相關經費，並已實施多年，以減輕家長負擔。此次考量私立高中職學費已14年未調升，加上108課綱實施，各校須投入更多教學資源，故參考107年軍公教調薪3%，私立高中職學費自108學年度起調升3%。所需經費由12年國民基本教育高中職免學費方案支應，不排擠其他教育經費，也不會讓家長額外負擔。
教育部強調，不論公私立學校學生都應獲得適度的教育資源，尤其合理降低私校經營壓力，有助於保障教學品質，將更加落實照顧每一位學生的學習。依《高級中等教育法》第56條規定，高級中等學校學生符合一定條件者免納學費；免納之學費由政府編列預算補助。因此，教育部依規編列調升學費補助經費預算，預估108年度增加1.7億、109年增加4.1億，均由12年國民基本教育高中職免學費方案支應。另外，依「高級中等學校向學生收取費用辦法」規定，學費數額已於今年7月25日公告，並刊登於行政院公報資訊網。
經調升後，私立高中職普通科、專業群科（除藝術類外）、進修部、實用技能學程(除藝術類外)自22,800元調升至23,484元；專業群科(藝術類)、實用技能學程(藝術類)自33,560元調升至34,567元。
此外，教育部也持續加強私立高中職財務督導及查核機制，監督各項辦學機制，已建立對主管私立高中職財務督導及查核機制，委請會計師協助各校財務查核。若發現財務重大缺失，將請會計師專案查核。同時也會加強私校負債管理，追蹤學校改善情形及進行必要輔導，以維護學校穩健經營，保障學生受教權益。