針對國際奧會11月16日來函關切2020年東京奧運正名公投恐有違奧林匹克憲章第27條第9項規定之疑慮，體育署說明如下：
我國自1981年簽訂洛桑協議以來，一直遵守該協議以「中華台北」為我國會籍名稱參加國際奧會及其所屬各國際賽事。自本公投提案開始，體育署一直對外清楚陳述，依據奧林匹克憲章規定，中華奧會為國際奧會承認之會員，中華奧會名稱的變更提案必須由該會向國際奧會提出申請，而提案之受理及同意與否均為國際奧會權利，非中華奧會單方面可決定。再者，中華奧會係由國內體育界人士與運動協會所組成，受奧林匹克憲章所約束，並非政府所屬的機關或機構，且依據奧林匹克憲章第27條規定，各國家奧會保有獨立性及自主性。
對此，體育署重申並強調，以保護選手代表我國參賽權益、保障中華奧會會籍及尊重國際奧會規章為最優先考量；政府亦曾多次對外表示，臺灣是民主國家，尊重人民以公投展現民意；政府依法舉辦公投，但仍需尊重國際奧會的規定。