南榮科技大學因財務持續惡化，為維護學校教學品質及師生權益，教育部要求學校於108年7月31日前籌措1億元資金，惟學校並未於期限內完成資金籌措事宜，教育部依《私立學校法》（以下簡稱私校法）第70條第2項規定命該校自108學年度第2學期（109年2月1日）起停辦。
南榮學校財團法人自108年5月起發生教職員欠薪情事，截至108年7月，共欠薪約新臺幣2,200萬元。該法人應於108年7月31日前籌措1億元資金到校，惟經確認學校並未完成資金籌措事宜，未來已無資金可繼續辦學。
目前南榮科技大學尚有690名學生、55名教師及43名職員，教育部將督促學校依法協助教職員辦理退休或資遣事宜，以保障教職員法定權益；另要求學校維護在學學生受教權益，對有轉學意願者，協助輔導轉學；必要時，得由教育部協助分發至其他私立學校。有關學生因安置而衍生之補救教學、交通費、住宿費等費用，教育部則將由「大專校院轉型及退場基金」補助相關學校，不致使學生產生額外負擔；另董事會得於停辦計畫經本部核定後，就積欠教職員薪資、資遣費等項目，擬具借款計畫向本基金申請融資。
依「專科以上學校及其分校分部專科部技術型高級中等學校部設立變更停辦辦法」第34條規定，私立學校停辦後3年內若未完成復辦或改辦等，教育部應命學校法人解散。惟該校已無資金，教育部建議董事會應基於公益，儘速提出法人解散清算，使積欠教職員之薪資及優離優退費用等得以清償，以保障教職員權益；賸餘校產亦得依捐助章程規定歸屬地方政府，確保校產公共性。