教育部提出「國家重點領域產學合作及人才培育創新條例」草案（以下簡稱創新條例草案），主要是為協助國立大學設立「國家重點領域研究學院(以下簡稱研究學院)」進行產學合作及人才培育制度的創新，在可防可控的一定場域範圍內，藉由放寬組織、人事、財務、設備資產、人才培育及採購事項，讓產業能有效、有序地參與產學研發。針對高教工會舉辦國立大學學界圓桌論壇針對創新條例草案提出的省思與呼籲，教育部強調，為確保研究學院運作的公益性及教育性，創新條例草案已針對研究學院的設立及運作，就公共監理、創新環境、法律授權、校園資源及退場機制等事項有周延監督設計，並由校務會議授權設立的監督會及研究學院管理會皆納入政府代表、產業代表、教師代表及學生代表參與，同時亦透過跨部會組成的審議會共同監督及管理。
針對高教工會舉辦國立大學學界圓桌論壇針對創新條例草案提出的省思與呼籲，教育部進一步回應如下：
一、研究學院的公共監理機制已納入政府參與及學校監督
創新條例草案第4條、第14條、第15條、第18條已針對審議會、校務會議、監督會及管理會有明確的權責劃分的監督機制。首先，政府會由教育部、國發會、經濟部、科技部及其他部會共同組成「審議會」，審議及監督研究學院的設立、續辦及計畫變更，並可令其停辦，及組成專案小組訪視或委請會計師查核研究學院運作情形。其次，由校務會議授權國立大學設置「監督會」，監督研究學院財務績效及備查其制度規章，包括行使監督會非政府代表委員聘任之同意權等事項，並下設稽核人員，查核研究學院財務、內控及績效，如果有相關缺失或異常事項，也將由稽核人員定期追蹤至改善為止。第三，研究學院則設置管理會，其中產業代表占1/3，其餘為政府及國立大學代表，共同決定營運方針。
二、校務會議、監督會、校長在研究學院的權責已明確劃分
考量校務會議是就整體校務發展及組織體制進行審議，基於研究學院辦理產學合作及人才培育制度創新的特殊性及專業性考量，有別於一般學術體制的學院，加上監督會的任務涉及研究學院經營規劃(包括產學合作、技術移轉、智慧財產運用)、績效報告、相關人事、財務及學務制度規章等專業事項，爰規劃設計監督會由具專業背景的委員來擔任進行監督，而這些委員組成也須包括政府代表、研究生代表、學生會代表、產業代表、專任教師代表及校外學者專家；其中校長雖可提名政府代表以外的相關人選，但須經校務會議行使同意權，逐一詳實審查其資格及適任與否，校務會議同意後方由國立大學聘任；同時創新條例草案也明定監督會是向校務會議負責，其運作規範均須送校務會議備查，而非向校長負責，不會發生超級校長的情形。
三、創新條例草案對研究學院的規範均有明確法律授權
創新條例草案主要是協助國立大學盤點環境，適度突破現行法規侷限，建立可防可控場域，以此規劃設計以8年至12年方式透過研究學院進行小規模推動，讓產官學有效有序參與，共同培育高階科學技術人才。其次，倘國立大學欲申請設立研究學院，亦須針對擬放寬的法律或法規命令，於創新計畫書中載明相關條文及內容，並擬訂其替代措施，經過校務會議審議通過後，始得提出申請，教育部則會召開審議會審議，以確保研究學院制度的完善及穩定運作，不會發生在大學裡養怪獸的情形。